Berdasarkan Permenkes No.2348/Menkes/Per/XI/2011 Tentang Perubahan Atas Permenkes No. 356/Menkes/Per/VI/2008 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, mengenai tugas pokok dan fungsi Kantor Kesehatan , maka KKP kelas II Ambon mempunyai tugas melaksanakan :
- Pencegahan masuk dan keluarnya penyakit , penyakit potensial wabah,
- Surveilans epidemiologi, kekarantinaan,
- Pengendalian dampak kesehatan lingkungan,
- Pelayanan kesehatan,
- Pengawasan OMKABA serta
- Pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada Permenkes 356 Tahun 2008, KKP menyelenggarakan fungsi :
- Pelaksanaan kekarantinaan;
- Pelaksanaan pelayanan kesehatan;
- Pelaksanaan pengendalian risiko lingkungan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
- Pelaksanaan pengamatan penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali;
- Pelaksanaan pengamanan radiasi pengion dan non pengion, biologi, dan kimia
- Pelaksanaan sentra/simpul jejaring surveilans epidemiologi sesuai penyakit yang berkaitan dengan lalulintas nasional, regional dan internasional;
- pelaksanaan, fasilitasi dan advokasi kesiapsiagaan dan penanggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) dan bencana bidang kesehatan, serta kesehatan matra termasuk penyelenggaraan kesehatan haji dan perpindahan penduduk;
- pelaksanaan, fasilitasi dan advokasi kesehatan kerja di lingkungan Pelabuhan/Bandara dan Lintas Batas Darat;
- pelaksanaan pemberian sertifikat kesehatan Obat, Makanan, Kosmetika dan Alat Kesehatan (OMKA) ekspor dan mengawasi persyaratan dokumen kesehatan OMKA impor;
- pelaksanaan pengawasan kesehatan alat angkut dan muatannya;
- pelaksanaan pemberian pelayanan kesehatan terbatas di wilayah kerja Pelabuhan/Bandara dan Lintas Batas Darat;
- pelaksanaan jaringan informasi dan teknologi bidang kesehatan Pelabuhan/Bandara dan Lintas Batas Darat;
- pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan bidang kesehatan Pelabuhan/Bandara dan Lintas Batas Darat;
- Pelaksanaan kajian kekarantinaan, pengendalian risiko lingkungan, dan surveilans kesehatan pelabuhan
- Pelaksanaan pelatihan teknis bidang kesehatan Pelabuhan/Bandara dan Lintas Batas Darat;
- Pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan KKP.